Facebook | Twitter | G+ | Blog | Mailing List | Techie Mailing list

Cos’è OpenWorm?

OpenWorm è un progetto open science che si prefigura l’obiettivo di ricreare il primo organismo digitale, un verme di piccolissime dimensioni, il C. elegans. Grazie alla KickStarter avrai la possibilità di unirti al progetto e contribuire alla creazione del primo organismo digitale.   Come ricompensa per il tuo supporto, avrai accesso al tuo "WormSim" per interagire direttamente col modello sul tuo web browser.  Il tuo WormSim migliorerà costantemente nel tempo e diventerà più intelligente, seguendo da vicino l’evoluzione del nostro modello e il suo progressivo avvicinamento al reale C. elegans.

Stiamo inoltre creando la  OpenWorm Academy  per insegnare a voi tutti il funzionamento di questo piccolissimo verme e mostrarvi i modo in cui lo stiamo ricreando attraverso un semplice corso online.

Cosa posso fare con il mio WormSim?

Qualora volessi contribuire, a partire dal livello di worm charmer potrai avere il tuo WormSim personale, che ti aprirà le porte agli ultimi sviluppi del modello con cui potrai facilmente interagire. Nonostante il WormSim non sia ancora un completo organismo digitale, troverai ciò che abbiamo fatto finora unico e intrigante.

• Esplora il tuo WormSim attraverso visualizzazioni mozzafiato 
• Ruota e zooma in 3D per studiare il tuo WormSim da molteplici angolature 
• Vai oltre la visuale statica del verme osservando le modalità di movimento del tuo verme WormSim e l’attività muscolare e cellulare che la rende possibile. 
• Click clicca attraverso la semplice e intuitiva lista dei muscoli cellulari che mettono in moto l'organismo.  
• Ogni cellula si illumina e rivela il meccanismo che sottende ogni attività, mostrandoti come il comportamento del C. elegans digitale venga prodotto dal movimento delle cellule muscolari.

Nota: Tutto il codice sorgente prodotto da questa campagna verrà sempre disponibile pubblicamente.   Tuttavia costruire una WormSim da una sorgente è un’operazione complessa che richiede elevate competenze informatiche. I WormSims acquistati attraverso la campagna risiederanno in una infrastruttura cloud avanzata e saranno facilmente disponibili senza nessuna competenza specifica..

Perché è importante?

La scienza ancora non ha ancora raggiunto una conoscenza del cervello umano tale da curare malattie quali Alzheimer o Parkinson.  È difficile crederlo ma la scienza non conosce ancora pienamente il cervello di un semplice verme!   Se non riusciamo a costruire un computer model di un verme, l’organismo più studiato in tutta la biologia, non avremo alcuna possibilità di comprendere la complessità di un cervello umano.

OpenWorm ti offre un posto in prima fila per lo spettacolo della vita artificiale. La nostra comunità open-source internazionale sta lavorando per costruire una simulazione di uno dei più importanti organismi modello della biologia e per poterlo rendere disponibile a tutti sul proprio computer.

Poichè siamo convinti che la ricerca sul cervello debba accelerare abbiamo deciso di assumere un ruolo attivo.  Dobbiamo imparare a strisciare (come vermi) prima di poter camminare!

Scienza trasparente e accessibile

Al contrario di progetti inaccessibili realizzati dietro porte chiuse, OpenWorm è un progetto “open science”. 

Partecipando a questa Kickstarer potresti essere uno dei primi a possedere un WormSim, il primo organismo digitale, e diventeresti allo stesso tempo parte della nostra comunità di appassionati ed esperti. 

La somma raccolta e qualsiasi extra saranno speso per finanziare scienziati e ingegneri in modo da arrivare a simulazioni sempre più realistiche del verme.. Di conseguenza il tuo WormSim diventerà sempre più fedele riproduzione del vero organismo, e acquisirà nuovi comportamenti (basta dare uno sguardo all figura sotto per avere un’idea del nostro piano).

Puoi iniziare a giocare con il tuo WormSim in 4 semplici step!

Step 1) Segui il link e inserisci il tuo codice d’accesso

Step 2) Dai un nome al tuo WormSim

Step 3) Guarda il tuo WormSim iniziare strisciare!

 Step 4) Ruota e zooma ed esplora le sue cellule!

In cosa consiste?

Trattai vantaggio da tutto il lavoro che è avvenuto negli scorsi anni nel progetto OpenWorm: uno spaventosa quantità di ricerca open science e 3 anni di sforzi culminati nell’attuale simulazione del verme C. elegans.  Ecco il più recente video della simulazione: 

Sarà come guardare un video su YouTube ma sarà interattivo, e potrai esplorare il modello 3D dinamico and ispezionare l’attività delle cellule muscolari del C. elegans.

Per chi è? 

• Menti curiose
• Studenti
• Educatori
• Scienziati

OpenWorm Academy

Come bonus, un corso online che ti insegnerà tutto sull’eccitante campo della biologia digitale, offrendo accesso “dietro le quinte” di OpenWorm!

• Uno sguardo dettagliato alla scienza, biologia, matematica e programmazione dietro OpenWorm
• Adatto a non esperti
• Workshop avanzati per chi fosse interessato

Ricompense 

Scegli il verme che fa per te!

Stampa ad edizione limitata per OpenWorm dei disegni di Matteo Farinella

Chi supporta la campagna al livello di Worm Activist, Worm Fanatic or Worm Professor o più, riceverà uno a scelta tra 5 stampe ad edizione limitata realizzate dal brillante Matteo Farinella esclusivamente per OpenWorm. Matteo è l’artista e neuroscienziato autore del magnifico NeuroComic.

Supporta simulazioni didattiche per bambini

Dona $399 a livello Worm Professor e in aggiunta alle tue ricompense doneremo una simulazione WormSim a un bambino scelto da te (o faremo una lotteria in caso fosse preferibile). Se vuoi donare accesso al WormSim per una classe di studenti, dona a livello Worm Wizard (Mago!) per $2499. Puoi anche scegliere la classe!

Orgogliosi di essere open-source 

La nostra comunità open science è fondata sui principi open-source.  Tutto il nostro codice è rilasciato sotto licenza MIT.  Ma solo i nostri Kickstarter backers avranno la facilità e convenienza di avere la simulazione pronta all’uso in una applicazione web.

Chi siamo? 

Il nostro team è composto al momento da 9 volontari che donano il loro tempo al progetto: 

• Andrey Palyanov - Russia
• Balazs Szigeti - Ungheria 
• Giovanni Idili - Italia
• Jim Hokanson - Stati Uniti
• Matteo Cantarelli - Italia
• Michael Currie - Canada
• Padraig Gleeson - Irlanda
• Sergey Khayrulin - Russia
• Stephen Larson - Stati Uniti

Questo zoccolo duro, composto da ricercatori e ingengneri,  si è consolidato in anni di interazione online decentralizzata. è incredibile, ma tutto è iniziato con un “tweet” , e da quel momento il gruppo è cresciuto sino a diventare una ben oliata powerhouse di hardcore nerd e fanatici che non mollano la presa.

I nostri 36 volontari open-source sono sparsi nel mondo in 11 diversi paesi.

OpenWorm all'opera...

 ...e OpenWorm al pub :)

Adotta un neurone!

I donatori al livello di $249, Worm Legend, potranno avere il proprio nome (o qualsiasi altro nome di propria scelta) associato a uno dei 302 neuroni del verme C. elegans. Il nome apparira nella simulazione quando il neurone è selezionato. Questa opzione è limitata a 302 donatori!

Timeline di produzione

La nostra promessa 

La nostra Kickstarter è basata su 3 anni di lavoro portati avanti da un team consolidato, per questi siamo sicuri di poter portare a termine le nostre promesse.  In passato abbiamo rilasciato unaapplicazione iOS e una applicazione web, entrambe usate da ricercatori e educatori intorno mondo per esplorare l’anatomia del nostro amato verme C. elegans.  In aggiunta abbiamo rilasciato molteplici versioni di Geppetto, oil nostro motore di simulazione basato sul web, che sarà il nostro veicolo per portare il verme sul vostro browser.  I video che abbiamo rilasciatomostrano il nostro progresso su Sibernetic, il codice che supporta il modello del verme al giorno d’oggi.

Il nostro piano di sviluppo è stato creato dai membri del nostro team che possiedono anni di esperienza sviluppando computer software. Tutto quello che rimane da fare è combinare il modello sviluppato dai nostri ricercatori con il motore di simulazione Geppetto e costruire le infrastrutture per renderlo disponibile online.  I nostri test ci danno il verde - adesso abbiamo bisogno di voi!

Dacci l’opportunità di farti provare l’esperienza “open science” con OpenWorm.

Budget

Curiosi di sapere come spenderemo le donazioni? 

Ecco i dettagli:

• 60% - Ingenerizzare il WormSim
• 15% - Sviluppo della comunità OpenWorm
• 10% - OpenWorm Academy
• 10% - Amazon Payment & KickStarter overhead
• 5% - Costo delle ricompense (t-shirts, stickers, posters)

Sulle spalle dei giganti

Il nostro lavoro utilizza una vasta selezione di tool open source e open data che ci hanno aiutato a realizzare questo progetto.  

La communità sperimentale di esperti sul C. elegans che organizza ogni anno il GSA C. elegans meeting è incredibilmente accogliente e aperta a collaborazioni.  Abbiamo abuto aiuto e data da biologi esperti di C. elegans quali Dr. Sreekanth Chalasani al Salk Institute, Dr. Michael Francis a UMass Medical School, Dr. William Schafer alla University of Cambridge and Dr. Andrew Leifer alla Princeton University.  Abbiamo tratto ispirazione e avuto supporto nel costruire le nostre simulazioni dal laboratorio del Dr. Netta Cohen alla Leeds University e i suoi studenti.  La fonte originale per tante delle immagini 3D dell’anatomia del C. elegans è il Virtual Worm project at WormBase, in particolare il lavoro del Dr. Christian Grove at CalTech.  

Cose dette su di noi

"Vuoi programmare un sistema nervoso?  Inizia con un nematode." - Wired

“Questo progetto è importante per vari motivi, oltre al fatto che è cool. Oltre tutto cio pero’ OpenWorm rappresenta un modo originale a non arbitrario di quantificare la nostra conoscenza della fisilogia. ” - ExtremeTech.com

“Con questo recente prototipo, il progetto puo progredire esponenzialmente in modo precedentemente inconcepibile.“ - AshleyEllis.com

Domande Frequenti (FAQ)

A quale scopo state raccogliendo donazioni?

Vogliamo rendere disponibile il nostro modello OpenWorm attraverso un web browser e renderlo accessibile a tutti coloro fossero interessati. Esplorare la sezione “Cosa posso fare con il mio WormSIm” per una descrizione dettagliata delle features della simulazione.

Perché state facendo una campagnia Kickstarter invece di usare modi tradizionali di finanziare progetti scientifici?

OpenWorm è un progetto open science independente e “grassroots” () che non è affiliato a nessuna istituzione. Essere affiliato a una istituzione è un modo valido e tradizionale di fare scienza ma allo stesso tempo comporta spesso vincoli in termini di trasparenza. La Kickstarter è un modo per continuare a mantenere una struttura completamente aperta e non rinunciare alla nostra indipendenza.

Cosa succederà una volta che OpenWorm è accessibile via web browser?

Sarà come avere una finestra sul “The Matrix” per il WormSim! La simulazione diventerà sempre più dettagliata e accurata (per esempio quando daremo un cervello al WormSim) e nuove versioni saranno rilasciate a coloro che hanno donato abbastanza da avere accesso al WormSim.

Perché un verme?

Il microscopico verme C. elegans è l’animale più studiato e conosciuto tra gli organismi modello in tutta la Biologia! Tutte le 1000 cellule di questo organismo sono state mappate, compreso il cervello composto da soli 302 neuroni e le loro 5500 connessioni..

Ma questo verme è “intelligente”?

Il verme C. elegans riesce ad evitare predatori trovare cibo e imparare nel suo ambiente naturale in laboratorio! Quindi non si parla dell’androide Data della serie Star Trek, ma dobbiamo imparare a strisciare prima di poter camminare... e il vermiciattolo è molto più intelligente dei robot aspirapolvere che abbiamo per casa al giorno d’oggi!

Ma questo verme simulato sarà “vivo”?

Abbiamo parlato di questo argomento sul nostro blog in passato.  La risposta è che il software non ha ancora ragiunto il punto in cui la nostra simulazione si possa considerare “viva”.  OIl nostro obbiettivo principale è di capire come il comportamento “emerga” dalle interazioni tra le cellule che compongono l’oganismo, come solo 302 neuroni possano generare un’ampia gamma di comportamenti interessanti. Questo ci aiuterà enormemente a capire come il cervello umano funzioni!

Perché state mettendo un prezzo a qualcosa di open source?  Non state violando il principii dell’open source stesso?

Tutto il codice scritto e il software sviluppato come risultato di questa Kickstarter attraverso i fondi raccolti sarà e rimarrà sempre open source.  Qualsiasi programmatore avrà sempre la libertà di scaricare il codice e eseguirlo nello stesso modo che è possibile fare con tutto il nostro codice oggi.  I supporter di questa Kickstarter riceveranno la convenienza di esplorare il WormSim semplicemente visitanto un indirizzo web (URL) senza dover installare nulla o avere conoscienze specifiche.

Posso scaricare dalle tasse la mia donazione al progetto?

Non in Italia.